charakter článku: Průvodce Téměř dvě třetiny celé země pokrývá tropický prales, opravdovou džungli můžete vidět zejména na Sumatře, Kalimantanu, Sulawesi a Nové Guineji. Přestože její přírodní bohatství trpí rozsáhlým odlesňováním, rozlohou svých pralesních porostů se Indonésie řadí na druhé místo na světě za Brazílii.
Rozsáhlý indonéský biotop je domovem druhově nesmírně rozmanité flory a fauny. Mezi Bali a Lombokem a Kalimantanem a Sulawesi prochází tzv. Wallaceova linie, biogeografická hranice mezi indomalajskou a australskou faunou pojmenovaná podle přírodovědce Alfreda Russela Wallace. Vysvětlení tohoto fenoménu sahá do dávných dob, kdy byla Sumatra, Jáva, Kalimantan a Bali spojeny s centrální asijskou pevninou, a proto sdílí s touto oblastí podobnou faunu. Hluboké vody však oblasti východně od Kalimantanu a Bali udržovaly oddělené, a tak se fauna v této části země vice podobá druhům žijícím v Austrálii. V části západně od Walaceovy linie se dodnes vyskytují některé druhy velkých zvířat, ačkoliv většina z nich je silně ohrožena. Tygři se vyskytují na Sumatře, která je domovem i divokých slonů, s nimi se nejsnáze můžete setkat v národním parku Way Kambas. V národním parku Ujung Kulon na západní Jávě můžete při mimořádném štěstí narazit na javánského nosorožce. Sumatra a Kalimantan jsou domovem jediného z lidoopů žijících na území Indonésie, orangutana. Tato nádherná zvířata naopak můžete pozorovat zcela snadno v rehabilitační stanici v Bukit Lawangu nedaleko Medanu. Z dalších opičích druhů jsou v pralesích zastoupeni gibboni, makakové nebo na Kalimantanu se vyskytující kuriozní dlouhonosé opice.
